目的條帶鑒定
（1）產品說明
本產品提供快速的SDS-PAGE目的條帶質譜定性檢測服務。
本產品使用高分辨液質聯用系統對目的條帶進行質譜檢測分析，報告反饋按照蛋白豐度排序的蛋白質鑒定列表，客戶可根據蛋白豐度及蛋白分子量對目的條帶進行準確定性。本產品僅作為目的條帶定性和確證的質譜檢測工具使用，提供真實客觀的質譜檢測結果，不參與具體科學問題的討論，不對檢測結果是否符合預期負責。
（2）客戶提供
沿目的條帶染色邊沿切下長寬不超過10 mm*5 mm的目的條帶，裝入EP管送樣即可。
（3）服務內容
1、目的條帶蛋白進行還原烷基化、酶切、提取肽段等前處理實驗。
基于蛋白質組學最主流的技術路線“鳥槍法”，收到目的條帶后我們會進行目的蛋白的還原烷基化充分暴露酶切位點，接著使用Trypsin胰蛋白酶將目的蛋白切成肽段，經過固相萃取小柱的除鹽純化后酶切產物會經過自動進樣器進入液質聯用系統進行檢測分析。
2、LC-MS/MS質譜檢測。
LC-MS/MS檢測由液相和質譜儀組成，中間由ESI離子源進行連接。液相按照洗脫梯度將混合肽段樣本分離，肽段依次洗脫被離子源離子化進入質譜檢測器。質譜儀按照一張質譜圖幾十毫秒的速度進行掃描，獲得的高質量二級質譜圖即可被解析成肽段序列，可作為目的蛋白被檢測到的直接證據。LC-MS/MS根據液相分離梯度時長一個樣本會獲得幾千到幾十萬張譜圖，技術實力深厚的質譜公司通常一半以上的譜圖是可以解析的高質量譜圖。
3、質譜下機數據進行數據解析和數據整理。
質譜原始數據會進過專業的數據搜庫軟件進行數據解析，解析的過程是搜庫軟件會根據提交的蛋白組數據庫，模擬實際實驗過程進行理論酶切和理論肽段碎裂，形成理論上的二級質譜圖和碎片離子對照表，根據理論譜圖和實際檢測譜圖的比對標注實際二級質譜圖，完成譜圖的解析。此外我們還需要完成肽段到蛋白質的歸屬和數據的整理、數據質量的監控。
（4）交付結果
1、交付形式為質譜鑒定蛋白質列表。
蛋白鑒定列表每行為一個蛋白質（proteingroup），列表展示蛋白質都為該樣本質譜檢測鑒定到的高可信蛋白，列表按照蛋白豐度參考值（iBAQ值）進行降序排列。主要關注參數為Mw（KDa 該蛋白數據庫理論分子量）和iBAQ值（該蛋白在樣本中相對豐度）iBAQ [%]（該蛋白在鑒定列表中相對豐度占比）。
理想情況下蛋白列表排名第一的蛋白iBAQ值或iBAQ [%]和其他蛋白有較大差異，并且該蛋白的理論分子量和目的條帶膠圖位置符合，該蛋白即推薦為目的條帶主成分蛋白。
2、目的蛋白序列覆蓋圖
序列覆蓋圖反映質譜檢測到的肽段占據蛋白理論全長序列的比例，綠色高亮部分是本次質譜檢測結果覆蓋到的蛋白序列，在peptide表可以找到該部分序列的詳細肽段信息。
（5）產品特點
1、快速
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譜度-目的條帶鑒定 |
其他質譜公司(LC-MS/MS) |
其他質譜服務(LC-MS/MS) |
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7個工作日拿結果 |
2-3周拿回結果 |
1個月以上拿到結果 |
2、結果清晰
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譜度-目的條帶鑒定 |
其他質譜公司(LC-MS/MS) |
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文件夾結構 |
按照樣本管標記放置清晰明了。 |
文件夾多、邏輯混亂、找不到重點。 |
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數據列表 |
1、展示關鍵有用信息，可能會用到的數據無遺漏。 2、按豐度排序，重點突出。 3、輔助表頭說明展示在每個數據列表旁邊，方便隨時可查。 |
1、無用的中間數據沒有進行整理剔除，數據冗余復雜看不懂。 2、只有蛋白鑒定列表，丟失有用信息，幾百個蛋白大海撈針。 3、表頭大量縮寫又找不到解釋。 |
3、方便
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譜度-目的條帶鑒定 |
其他質譜公司 |
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樣本要求在送樣表上，簡單明了直接送樣。 |
銷售不專業需要反復確認，還不一定是最適合的送樣方式。 |
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開具發票數據即可提前發送。 |
報賬前質押數據，耽誤實驗進度。 |
目的條帶鑒定 VS Western Blot
Western Blot在目的蛋白驗證時應用非常廣泛，但在假設不確定或者抗體購買不方便時，基于質譜的目的條帶確證具有方便、快速、準確等優勢，已經作為基礎技術廣泛應用于分子實驗室。
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目的條帶鑒定 |
WB |
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7天拿結果 |
抗體購買周期長 |
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無需假設直接給結果 |
WB陰性結果多 |
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價格透明低至698元 |
抗體成本高至1~2千 |
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定性成功率非常高 |
商業化抗體難以保證效果 |
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切膠寄樣簡單方便 |
實驗步驟繁瑣 |
4、數據豐富可信
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譜度-目的條帶鑒定 |
其他公司LC-MS/MS |
MALDI-TOF/TOF |
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數據質量高 證據力度強 真實可查 |
多層外包 數據真實性存疑 |
數據質量低 可信度差 |
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數據按照豐度排序 簡單明了 |
僅有蛋白列表 關鍵信息缺失 |
技術缺陷沒有豐度信息 |
目的條帶鑒定VS MALDI-TOF/TOF
目的條帶鑒定基于LC-MS/MS技術路線檢測分析，相對于MALDI-TOF/TOF，LC-MS/MS在數據通量、檢測靈敏度、檢測準確度等具有絕對優勢。
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LC-MS/MS |
MALDI-TOF/TOF |
特點 |
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有在線液相分離系統 |
沒有液相 |
1、 液相分離使質譜圖復雜程度大幅下降，增加解析準確性。 2、 色譜峰的富集作用使質譜檢測靈敏度大幅增加。 |
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ESI離子源 |
MALDI離子源 |
1、 ESI離子源使肽段多產生高價離子，雜質多為一價離子可以進行雜質排除。 2、 MALDI離子源肽段和雜質都為一價離子，無法進行雜質排除質譜檢測效率降低。 |
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15分鐘分析時間 |
30s分析時間 |
1、 更長分析時間具有更多譜圖證據和更多數據量。 |
5、價格透明全網最低
由于采用創新性售前模式降低了售前成本，并將大部分客戶都不需要的部分售后服務剝離單獨收費降低了檢測報價。由于較大的降低了成本最高的售前售后部分，并利用規模優勢，我們可以將昂貴的基于高分辨串聯質譜的蛋白組技術價格壓至全網最低。
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譜度-目的條帶鑒定 |
其他公司 |
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價格 |
低至698元/樣本 |
1000元起/樣本 |
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銷售 |
價格透明 全國統一 |
價格虛高 看人報價 |
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技術實力 |
自有實驗室和技術人員 |
自己不具備實驗能力和售后支持 多層外包 |
（6）應用案例
A圖：SDS-PAGE膠圖，標注的為感興趣的目的條帶。C圖：二級譜圖提供目的蛋白的直接鑒定證據，證實條帶Cx_9為蛋白腺嘌呤核苷酸轉位酶【adenine nucleotide translocator (ADP/ATP translocase, solute carrier family 25, member 5)】
本文以同類樣本進行SDS-PAGE，作者首先采用MALDI-TOF進行膠條蛋白鑒定，在大量條帶中，僅有3個條帶鑒定出有效蛋白（如下圖左）；之后作者采用LC-MS/MS進行膠條蛋白鑒定，許多在MALDI-TOF中未能鑒定的條帶得以成功鑒定（如下圖右）。原因是LC-MS/MS相比MALDI-TOF進行目的條帶蛋白鑒定，準確性和靈敏度更高。
